《使命召喚9》的劇情看上去很龐大，而且很復雜，讓有些玩家搞不清楚，其實整理起來很簡單，可以從主線和支線2個方面來看。

A.主線：關于老梅 森的生死。    

簡單說來就是老梅森與梅內德斯不能共存；   
如果兩人都死了，梅森只好和伍茲一起去老梅森的墓前祭拜了（三種結局）

B.支線：美國的命運。           

 整理一下就是   
1.Karma是電腦高手，能破解所有電腦程序，即使是看起來無所不能的Cordis Die制造的病毒；
2.Tian Zhao是阻止SDC派無人飛機去救奧巴馬號的關鍵（SF任務最后關卡）；
3.Farid是Salazar背叛時為Karma擋槍的炮灰；
4.Brigge是奧巴馬號的指揮；
5.奧巴馬號是美軍的主戰斗力。