【序章：覺醒】

聲明：《合金裝備5：幻痛》的游戲關卡大多為開放式潛入設計，大部分關卡皆有多種解法，本攻略提供關卡介紹及其中一種通關方法，游戲鼓勵玩家自主思考通關。

劇情：短暫的片頭里，槍聲四起的背景中，Big Boss(以下皆簡稱“BB”)打開了一盒磁帶，伴隨著磁帶的音樂，游戲的主界面也出現在了玩家的眼前。當玩家控制的BB恢復知覺時，正在忙碌著照料BB的護士急忙喊來了醫生。

本段落操作：跟隨醫生指示做出對應動作：滑動鼠標點頭、向上看。輸入名字。

劇情：醫生告知BB他已經昏迷九年之后，BB無法接受這個沖擊性的事實，情緒激動了起來，醫生不得已呼叫護士給他注射了一劑鎮靜劑。鏡頭再次轉換時，時間已經過去了一周，而醫生也告訴了BB一個更加可怕的現實：因為爆炸事故，他全身被穿入了108個碎片，其中甚至包括了人骨和牙齒，這些碎片很多已經被取了出來，但是靠近心臟和頭骨的碎片，醫生也沒有辦法。BB甚至還失去了一條左臂，掙扎中的BB再次被鎮靜劑強制冷靜。

再次找到BB的醫生告訴他，整個世界都想要他死，能夠讓他安全離開醫院的一個方法就是整容。不過這里整容似乎沒有什么作用，在之后的游戲里BB依然還是自己的那張大叔臉。